天平年間（729～749）、聖武天皇の勅願により行基が開基したと伝えられる。寺号は、葛城山から流れてくる近木川と、その支流の秬谷川が合流する地形（水間）に由来する。最盛期には七堂と僧坊百三十余を有する大伽藍を誇った。天正13年（1585）、豊臣秀吉の兵火で焼失し、現在の本堂は文化8年（1811）に再建されたもの。本尊は「厄除の観音さま」として信仰が厚い。開山以来行なわれている伝統行事「千本搗（つき）」は、長い棒を持った人々が臼を囲んで餅をつくという行事。行基が十六人の童子（観音の化身）に誘われて観音像を授けられ、聖武天皇、光明天皇の行幸の折、歌に合わせて棒で餅をつき、本尊に供えたことが始まりといわれている。