行基建立四十九院のひとつで、現在の観音堂は古くは「観音寺」「木積観音（こつみかんのん）」などと呼ばれ、孝恩寺とは別の寺院だった。観音寺は大正3年（1914）、廃寺して当寺に合併したが、寺伝によると、奈良時代の神亀3年（726）、行基によって開創された七堂伽藍をもった寺院だった。その後、さまざまな混乱を経て観音堂のみを残して現在に至る。この観音堂は、大阪府下で最古の木造建築物のひとつに上げられ、鎌倉時代後期に建てられた密教様式を現在に伝える貴重な建物。釘を1本も使わずに建てられたので、「木積の釘無堂」とも呼ばれ、国宝になっている。「木積」（こつみ）とは、孝恩寺のある貝塚市の地名のことで、行基が「観音院」をはじめ、関西に49の院を建てる際、山から切り出した木材置き場にしたことに由来する。また、境内の宝物館には、雨乞い祈祷の本尊として知られる「難陀竜王増像」や鎌倉初期の阿弥陀如来立像など国指定の重要文化財19点も。