日本三大鍾乳洞の一つで、洞内に住むコウモリとともに国の天然記念物指定を受けている。奥から湧き出る清水が数カ所に渡って深い地底湖を形成しており、第三地底湖は水深98m。なお、未公開の第四地底湖は水深120m（日本一）。水の透明度は世界有数。平成23年4月に洞内照明を全面LED化してリニューアルオープン。