別府の発展と航海の安全を祈念して、明治3年に鎮座した。明治4年に開港した旧別府港の繁栄を見守ってきた小さな神社です。拝殿の正面に掲げられた木彫りの「波止場神社」という額は松方正義の書です。格天井には明治４年駐春園主人嶋石生の手になる花鳥、十二支が描かれていて、今も色鮮やかに残されています。