元禄以来、徳川幕府は新しい寺院の建立を禁じましたが、享和2年（1802年）蝦夷地（北海道）に5つだけ寺を建立することを許可し、北方警備のためこの地に秋田の藩士たちが駐屯することになったおり、蝦夷地に先に建立されていた有珠善光寺の住職が、安政3年（1856年）に宗谷場所の協力を得て建立した幕府直轄の浄土宗のお寺でした　明治の半ば頃までは、西は利尻、礼文、増毛、東は網走まで遠くは樺太までにも死者供養のため寺僧が巡回していた北蝦夷地の唯一の寺で、その後、明治45年（1912年）に一度焼失し、現在の「宗谷護国寺」は位置を変え、昭和25年（1950年）に再建されたものです　焼跡は、昭和32年（1957年）に北海道文化財に指定されています