嵯峨天皇の勅願寺として三諦上人が開山。比叡山・高野山と並ぶ三山の１つと伝えられる。しかし、織田信長の比叡山焼き討ちに伴い、同じ天台宗であった櫻堂薬師も焼き討ちにあう。後再建されたが、台風・地震などにより大破。現在の建物は寛文7年（1667年）のもの。明治時代の廃仏毀釈の風潮により荒廃し、現在まで残ったのは薬師堂のみ。建物内には多くの仏像がある。また舞楽面・奉納絵馬も有名。2012年には開基1200年を迎えた。