平文暦２年(1235)親鸞上人に感銘を受けた碧海の領主・安藤薩摩守信平が武門を捨てて仏門に入り、正嘉２年(1258）に寺を建立し明眼寺と命名。その後、三河一向一揆の際家康がこの寺で難を逃れたことから、家康より「源」の文字を賜り妙源寺と改称しました。三河の真宗で最も古い道場といわれています。