オランダ人だけが出島で通商を許されたのは、彼らがカトリックではなく、新教徒だったからである。1859年（安政6）から新教も本格的な活動を始め、出島に教会と神学校が造られたのは1876年（明治9）である。現在は、出島史料館本館として開館されている。