天草島原の乱後、初代代官鈴木重成が建立した。明徳寺は正保2年(1645)創建、代官の懇請によって来島した、山口県瑠璃光寺15代の禅僧中華珪法禅師が開祖。山門は豪壮で享保2年(1714年)三世丹州寿鶴禅師の代に建立されたもので、「祖門英師行清規流通仏陀正法」「将家賢臣革弊政芟耶蘇邪宗」の双聯が掛かる。