明治の神仏分離に際し、温泉神社そばの薬師堂に本尊薬師瑠璃光如来が祀られましたが、昭和４７年に台風の被害に遭い、輪王寺の別院として現在の本堂に安置されました。湯ノ平湿原のすぐ北にあり、源泉からひいた温泉を一般の観光客でも楽しめる珍しいお寺です。