釈迦院は、西比叡金海山大恩教寺といい、延歴18年（799年）桓武天皇の勅願によって、天台宗の名僧奘善台師が開基したと伝えられる。当時は、寺院が周囲の谷や峰に75も建ち、天台宗を基に、真言、禅、浄土など八宗兼学の道場として栄えたという。天正年間（1588年頃）に宇土城主小西行長の焼討により荒廃したが、その後、熊本城主加藤清正の子忠広により山門が再建され、やがて本堂や客殿が改築され現在にいたっている。