弘仁3年（８１２年）三諦上人によって開かれた嵯峨天皇の勅願寺。比叡山延暦寺、高野山金剛峰寺と共に、日本三山と称されていましたが、織田信長の比叡山焼き討ち後、信長の命により、焼き討ちにあい、焼失。寛文7年（1667年）に現在の建物が再建された。2012年には開基1200年を迎えた。