伝聖徳太子開基という伝承のある古刹。応永15年（1408年）に歓雅によって再興され織豊期には、芦浦観音寺三傑僧と呼ばれた八世賢珍・九世詮舜・十世朝賢らがそれぞれ織田信長・豊臣秀吉・徳川家康といった天下人と交わりを持ち、琵琶湖湖上交通を管理する船奉行に任命されるなど、大きな権力を持ちました。　境内は周囲を堀で囲み、内部に石垣や土塁を配する一見して中近世の城郭を彷彿とさせる特異な寺観を有しますが、これも近年の調査によって、芦浦観音寺が政治的に力をつけていく安土桃山時代後半から江戸時代の初めにかけて整備されたことが明らかとなってきています。　阿弥陀堂は入母屋造りで京都普勧寺からの移築、書院は野洲市永原御殿からの移築と伝えられます。　「近江の正倉院」と呼ばれるほど、多数の寺宝がありますが、現在多くは博物館等に寄託中で、直接拝観することはできません。